Tyto senzory pracují také na termickém principu s topným tělesem a dvěma teplotními snímači, ovšem ty jsou součástí čipu, který je umístěn přímo v proudu měřeného plynu. Průtokoměry s MEMS jsou tedy méně citlivé na částicové nečistoty a mají výrazně nižší výrobní náklady. Dalším pozitivem, které nelze opomenout, je stabilita MEMS senzoru průtoku, díky které není potřeba kalibrace dřív než po 5 letech provozu přístroje.